徐州医科大学研究生院（研究生工作部）主要负责学校研究生教育、学科建设和学术委员会相关工作。1979年学校在科研处设立研究生科；1996年正式成立研究生部；2009年更名为研究生学院；2019年更名为研究生院，与研究生工作部、学科建设办公室和学术委员会办公室合署办公。

学校自1985年正式开启研究生教育，2010年获得招收硕士“推免生”资格，2013年获批博士学位授予单位，2014年正式开始自主招收博士研究生。截至目前，学校共有全日制在读硕士、博士研究生3600余人，毕业研究生总数共计12000余人。

学校已建立完整的研究生教育和学位授予体系，拥有基础医学博士学位授权一级学科和临床医学博士专业学位授权点；生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学7个硕士学位授权一级学科和电子信息、生物与医药、临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、医学技术、公共管理9个硕士专业学位授权点，具备硕士研究生推免权。

学校现有博士生导师201人，硕士生导师1640人，其中有长江学者特聘教授、国家百千万人才工程、海外优青、全国优秀教师、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、全国卫生系统先进工作者、享受政府特殊津贴专家，以及江苏特聘教授、江苏省教学名师、江苏省优秀教育工作者、江苏省“双创计划”、江苏省优秀医学人才、省“科教兴卫工程”医学领军人才、省“科教兴卫工程”医学重点人才、江苏省“333工程”、“六大人才高峰”、“青蓝工程”培养对象和全国高校黄大年式教师团队、国家级优秀教学团队、江苏省双创人才团队、江苏省高校青蓝工程优秀教学团队、江苏省科技创新团队等一批优秀教师团队。

学校现有国家地方联合工程实验室1个，国家药监局重点实验室1个，省部共建协同创新中心1个，国家重点学科培育建设点1个，国家重点实验室培育建设点1个，国家临床重点专科2个，省优势学科2个，省高校协同创新中心1个，省重点一级学科7个，省重点临床专科28个。临床医学、药理学与毒理学、神经科学与行为学、分子生物与遗传学、生物学与生物化学5个学科ESI排名全球前1%，其中临床医学进入全球排名前3‰，药理学与毒理学ESI进入全球排名前5‰。药学和生物工程2个学科上榜“软科世界一流学科排名”。

学校始终坚持以学生为中心，肩扛立德树人根本使命，不断深化研究生教育改革，为进一步提高研究生培养质量而努力奋斗。